Existem muitas maneiras de interagir com o Agendador de Tarefas. Por exemplo, você pode usar o objeto COM Schedule.Service.
$TaskScheduler = New-Object -COMObject Schedule.Service
$TaskScheduler.Connect()
$TaskFolder = $TaskScheduler.GetFolder("\") # If your task is in the root "folder"
$Task = $TaskFolder.GetTask("The Name Of Your Task")
$Triggers = $Task.Definition.Triggers
$FirstTrigger = $Triggers.Item(1)
Esses objetos de gatilho têm uma propriedade Enabled. Eu acho que os índices de array começam em 1, o que é estranho, mas seja o que for.
Edit: E oh yeah, o método RegisterTaskDefinition () deve salvar suas alterações.