Seu comando sed
está capturando apenas a saída padrão de openssl s_client
, mas o certificado vem com as outras informações de depuração no erro padrão. Você já tentou algo assim?
openssl s_client -connect google.com:443 </dev/null 2>&1 |
sed -ne '/-BEGIN CERTIFICATE-/,/-END CERTIFICATE-/p' |
openssl x509 -outform DER >/tmp/google.com.der