Você pode fazer isso configurando dois hosts virtuais por meio da configuração do Apache. Por exemplo:
NameVirtualHost *:80
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /home/user/htdocs
ServerName www.example.com example.com
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /home/user/htdocs/subdir
ServerName *.example.com
</VirtualHost>