Existem algumas opções:
- falha do software de virtualização / KVM
- falha do sistema operacional convidado ou da pilha de rede [se o seu trabalho cron Java for executado localmente e não depender da conexão de rede, poderemos excluir a pilha de rede]
- o sistema está sobrecarregado de alguma forma - troca até a morte, está com falta de CPU, atinge limites no número de processos ou fica sem memória.
Para descartar a falta de recursos, use algo como Sar ou Munin e tente coletar estatísticas básicas a cada minuto. Munin lhe dará muitas estatísticas úteis, incluindo média de carga, número de processos, uso de CPU, memória livre, uso de swap e atividade de troca.
Estou preocupado que seja uma falha no kernel do convidado ou mau comportamento do KVM. Em caso afirmativo, os métodos acima não ajudarão.