Isso pode acontecer porque a política San está definida como "OfflineShared" por padrão para alguns SKUs do servidor Windows. Essa é a configuração padrão porque, se os discos forem compartilhados entre os servidores (a menos que façam parte de um cluster), poderá ocorrer corrupção de dados se a configuração for alterada para "OnlineAll".
Este artigo do Suporte Microsoft explica o problema e tem este exemplo de snippet autônomo para mostrar como fazer isso:
<component name="Microsoft-Windows-PartitionManager"
publicKeyToken="31bf3856ad364e35"
language="neutral"
versionScope="nonSxS"
processorArchitecture="x86">
<SanPolicy>1</SanPolicy>
</component>
Há também um aviso para redefinir esta política de volta para "OfflineShared" após a instalação para evitar problemas de corrupção de dados que possam ocorrer.
Embora este documento seja especificamente para o Windows Server 2008 / 2008R2, isso ainda está relacionado ao Windows Server 2012, conforme
Além disso, na seção autounattend.xml que você postou, você está marcando partições ativas nesses outros discos. A menos que você faça boot para outros sistemas operacionais nesses discos, evite marcar essas partições como ativas.
Mais informações sobre o uso de arquivos de resposta para implantar o Windows podem ser encontradas nas páginas Springboard Series no TechNet.
Espero que isso ajude