Eu não acredito que exista alguma maneira de excluir com segurança uma tabela no MySQL ou excluí-la sem remover o arquivo.
Existem algumas opções que posso imaginar:
- Exporte o banco de dados para um novo (sem as tabelas que você deseja excluir), alterne o que acessa o banco de dados para usar o novo e, em seguida, limpe o antigo
- Exclua a tabela e limpe o espaço livre na unidade
- Pare o MySQL, limpe os arquivos da tabela que você deseja excluir, reinicie o mysql, verifique / repare o banco de dados
Isenção de responsabilidade: Eu não testei nenhum desses métodos - use a seu próprio risco e certifique-se de que seus backups sejam bons.