A melhor maneira de fazer isso é usar os GPOs para definir um Menu Iniciar que não contenha a árvore Administrative Tools
dos usuários que você deseja "ocultar". Eles ainda poderão fazer isso através do MMC, mas as chances são de que eles não saberão como ou querem se incomodar com isso.
Configuração do usuário - > Preferências - > Configurações do Painel de Controle - > Menu Iniciar
Aoutramaneiramaisdifícilseriamexercomaspermissõesdoitememquestão.ParaoWindowsVistaesuperior,estáemC:\ProgramData\Microsoft\Windows\StartMenu\Programs\
evocêpodealterarquemtempermissõesdeleituraparaaárvoredediretórios"Ferramentas Administrativas". Presumivelmente, via script, se você quiser fazer isso por um monte de computadores.