Geralmente, você garante que:
- o arquivo de configuração não é visível para ninguém, exceto ejabberd (e root)
- O ejabberd possui suas próprias credenciais para o LDAP, que pode ser limitado a apenas fazer o que o ejabberd precisa fazer
Um arquivo separado não oferece mais segurança do que acima.
Ter um usuário / senha LDAP dedicado para ejabberd significa que, mesmo que um comprometimento aconteça, você poderá redefinir a senha e afetar somente um serviço. Se você vir alguma conexão aleatória no LDAP, também é uma maneira boa e simples de descobrir o que foi comprometido.