Eu acredito que você está falando sobre "notificações" e não "indicadores". Os indicadores devem funcionar fora da caixa no Ubuntu, bem como no Ubuntu 2D. As notificações ainda são usadas em programas mais antigos e você pode usar o Dconf Editor para ativá-las.
Não posso testar seu problema no meu próprio computador, pois não consigo encontrar nenhum programa que ainda use notificações. Mas eu ainda aconselho você a tentar sucessivamente os 2 métodos dados em esta página de WebUpd8.org : o método com o Editor Dconf e aquele com a linha de comando.
Se isso não funcionar, edite sua pergunta para indicar o que você fez e corrija a diferença entre indicadores e notificações.