Vários métodos, na verdade. Na versão mais recente, ele permitirá que você mude o método de criptografia para o MD5 simples com poucos ajustes, para que seja compatível com outros softwares, como o SOGo.
Por padrão, ele salga e usa Crypt para criptografar. Mas também suporta texto simples e MD5 para que você possa usar o Roundcube para alteração de senha.
Para versões mais antigas, há um guia aqui que fiz para usar o MD5: link
Mas da caixa estava Cripta e salgou a menos que eles mudassem alguma coisa. link
EDIT: Esqueci, todos os métodos de senha são armazenados em iredutils.py no diretório libs. Em versões recentes, eles espalharam algo um pouco, mas a maior parte da função principal está lá e você pode fazer engenharia reversa a partir daí.
Para compatibilidade, sugiro alterá-lo para usar o MD5, pois é muito fácil para a maioria dos sistemas usar uma senha no MD5. Embora manter a mesma salga e criptografia que eles usam para o padrão seja um pouco mais trabalhoso.
Tivemos esse problema em nosso servidor de e-mail por algum tempo enquanto o implementamos com o SOGo, mas é mais fácil alterá-lo para usar o MD5-PLAIN.