Eu tenho alguns dos meus sites com uma relação de confiança entre duas florestas diferentes com um único domínio em cada floresta AD.
Vou pular toda a política e detalhes que não importam e apenas fazer a pergunta:
Ter uma máquina com uma conta de computador em um domínio e sua conta de usuário em outra causa causa algum problema?
(além do comportamento do GPO que precisaria ser entendido, como o computador recebendo um GPO aplicado do domínio do computador e sua conta de usuário obtendo um GPO aplicado de seu domínio de usuário)
Contanto que você tenha a configuração de confiança, você deve estar bem. A única coisa a observar é que você só pode colocar objetos de usuário de domínios confiáveis em certos tipos de grupos - Grupos Universal e Domínio Local IIRC, pode haver algumas outras limitações que estou esquecendo embora.