Tudo o que o alien faz é pegar o conteúdo do RPM e reorganizar sua embalagem para transformá-los em .deb archive (além de tentar sintetizar os metadados de pacote adequados com base nos metadados no RPM). Não muda nada sobre os binários; apenas os copia do RPM.
Portanto, os binários instalados como parte do pacote .deb serão tão portáteis quanto os binários no RPM original. Se esses binários forem executados no sistema de destino, eles ainda serão executados quando instalados por meio do .deb .