Primeiro, sua suposição sobre como os caches funcionam é falha. Eles quase sempre armazenam em cache algo como o nível do bloco, não o nível do arquivo.
Se todas as outras coisas forem iguais, o acesso direto ao armazenamento compartilhado de dentro do convidado será ligeiramente mais rápido do que através de um disco virtual. No entanto, a única maneira de saber qual será a diferença real de desempenho em sua configuração é testar as duas configurações e compará-las.