Dean,
Algumas coisas.
- Desfaz todas as alterações de permissão feitas nos outros bancos de dados, nenhuma delas foi necessária. Melhor ainda, exclua o usuário que você criou, o que, por sua vez, excluirá todas as outras alterações de permissão.
- Recrie seu usuário, não atribua a ele funções de servidor, basta criar o usuário.
- Na seção Mapeamentos de usuários, atribua seu myDatabase a ele e conceda o direito db_owner. (Controle total apenas sobre este banco de dados)
- Verifique se você ativou o protocolo TCP / IP na ferramenta Configuração do SQL Server.
Experimente agora.
Atualização:
Sua string de conexão está errada. Parece que você está usando uma instância nomeada do SQL Server e a instância nomeada não usa o número de porta padrão. É bom que você tenha o serviço SQL Browser em execução, mas sua string de conexão deve ficar mais parecida com esta:
jdbc:sqlserver://serverName;instanceName=instance1;integratedSecurity=true;<more properties as required>;