A raiz do seu Site Padrão também é um aplicativo - você provavelmente descobrirá que está usando o DefaultAppPool e está configurado para usar o .Net 2.0. A configuração pode ser herdada daqui.
Você pode tentar um destes:
- Se não houver nenhum aplicativo configurado na raiz do site, você poderá tentar alterar as configurações DefaultAppPool para 'Nenhum código gerenciado'
- Desative a herança do aplicativo raiz usando inheritInChildApplications="false"
- Use uma tag
<remove... >
para cada módulo conflitante antes que eles sejam adicionados com<add...>
Tenha em atenção que 1 e 2 podem afetar as suas aplicações secundárias, caso dependam de qualquer uma das configurações herdadas.