Acabei de me deparar com este problema e resolvi-o. Eles chave aqui é a linha do maillog: "não pode determinar o remetente da mensagem; aceitando". A questão é que o e-mail que chega é mal formado e está faltando alguns cabeçalhos requeridos pelo RFC que o opendkim precisa para fazer o DKIM.
Por padrão, o opendkim é configurado para permitir o envio dessas mensagens, já que é incapaz de fazer qualquer coisa com as informações disponíveis e não pode confirmar nem negar que a mensagem passa no DKIM, e erra ao tomar a decisão de não eliminar mensagens, a menos que explicitamente configurado para.
Por que isso está sendo acionado quando você envia e-mails usando o telnet é porque você não digitou todos os cabeçalhos exigidos pelo RFC que o opendkim estava esperando. Se você os adicionou (especificamente, o opendkim só parece verificar os cabeçalhos De e Data, e parece não se importar com o que o cabeçalho de Data realmente contém)
Se você está certo em descartar todos os e-mails que violam os RFCs e está faltando os cabeçalhos De ou Data, você pode entrar no seu opendkim.conf e alterar ou adicionar a linha "RequiredHeaders yes". Provavelmente, é bastante seguro fazer isso, pois mesmo a maioria dos spams faz tudo certo, mas há sempre um risco ao descartar mensagens que alguns emails legítimos também podem perder.