Com o passar do tempo, o ext3 não é uma opção estelar para diretórios que contêm um grande número de arquivos, mesmo que tenha ganhado índices de diretório e outros recursos. Isso se aplica especialmente se o diretório tiver muita atividade de gravação, além da atividade de leitura freqüente, ou se os arquivos desse diretório forem fornecidos pelo NFS / Samba.
Em geral, seria melhor projetar para hash os arquivos em subdiretórios de alguma forma, como
a/apple.png
b/banana.png
c/cow.png
ou
a/ap/apple.png
b/ba/banana.png
c/co/cow.png
A sugestão que você fez (depois que alguns arquivos em um diretório criam um outro diretório) também é boa.