Na verdade, encontramos o problema, era um problema de dependência:
mod_wsgi.so
usou uma versão específica de libpython2.6.so.1.0
ldd mod_wsgi.so libpython2.6.so.1.0 => /usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 (0x00007f4c6dd87000)
vs. um diferente libpython2.6.so.1.0
usado pelo próprio binário python.
> ldd python
libpython2.6.so.1.0 => /softntools/opt/Python-2.6/bin/../lib/libpython2.6.so.1.0 (0x00007f14730fc000)
Embora esses fossem os mesmos nomes de arquivos, esses arquivos não tinham o mesmo tamanho
> ls -l /softntools/opt/Python-2.6/bin/../lib/libpython2.6.so.1.0
deu 3710590 bytes
> ls -l /usr/lib64/libpython2.6.so.1.0 3:33PM
-rw-r--r-- 1 root root 1594904 May 5 2010 /usr/lib64/libpython2.6.so.1.0
O que eu fiz para resolver o problema foi recompilar mod_wsgi alterando a variável LD_RUN_PATH para apontar para /softntools/opt/Python-2.6/lib/
e agora funciona.