Bem, para começar, você configura o MySQL para usar mais memória do que o seu VPS: key_buffer
e innodb_buffer_pool_size
estão configurados para um máximo de 256MB cada. Então, o que acontece é fora de RAM - > trocando como louco - > fora do espaço de troca - > MySQL morto.
Comece reduzindo os 2 vars para 32M cada, execute o MySQL por algum tempo, use o Tuning Primer ( link ) para obter melhor ideia do que definir e onde.