Você geralmente não executará um banco de dados MySQL separado em cada instância, mas um único banco de dados MySQL (ou talvez cluster, mais tarde) para que todas as suas instâncias se conectam .
Então, no mínimo, você tem:
Elastic Load Balancer - > Instâncias do servidor da Web (no EBS ou S3) - > Instância do banco de dados (no EBS)
Se você precisar dimensionar o banco de dados, poderá implementar um cluster do MySQL em instâncias do EBS ou apenas usar o Amazon RDS.