O site deve apontar para o diretório de cache. Configure uma regra que, se um arquivo não existir, reescreva para um diretório de origem "dinâmico". O script dinâmico também deve ser responsável por gravar no diretório de cache (supondo que você queira armazená-lo em cache). Outra coisa teria de ser responsável pela remoção de entradas antigas do cache (cron job etc).
Uma ideia melhor seria colocar um proxy reverso de cache real na frente do Apache. É possível usar o Apache como um proxy reverso, mas existem ferramentas melhores e mais apropriadas, como nginx ou verniz.