É possível que alguns desses pacotes sejam necessários. A remoção automática é toda sobre como os pacotes foram instalados.
Vamos supor que você tenha usado um ou mais pacotes meta grandes com dependências que requeriam muitos outros pacotes para serem instalados. Quando você remover esse grande meta-pacote, todos os pacotes que foram incluídos automaticamente serão considerados como não sendo mais necessários.
Você pode precisar deles instalados no seu sistema, ou talvez não. Você terá que avaliar a lista de pacotes por conta própria. Um grande número desses pacotes tem a ver com um ambiente de desktop GUI que você não estaria executando em um servidor. Supondo que você esteja planejando remover a GUI, a maioria desses pacotes pode ser removida.
Mas você também tem algumas coisas nessa lista que não são exclusivamente necessárias pela GUI, como o material PPP, e os pacotes relacionados ao Apache. Aqueles que você pode precisar manter.
O que você pode precisar fazer é simplesmente rever o propósito de cada pacote e depois removê-los um a um. Ou se você tiver um bom backup do seu sistema, então você pode simplesmente remover tudo e restaurar os pacotes e qualquer configuração, se necessário.