O CustomLog para o apache 2.2 é uma configuração por servidor ou por host virtual e o esquema de URI http://localhost/~user1/
e http://localhost/~user2/
type são todos os aliases dentro do mesmo host virtual padrão.
Algo como o seguinte funciona para o CustomLog (ErrorLog parece não suportar o modificador env)
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /var/www/html
ErrorLog logs/error_log
SetEnvIf Request_URI ^~user1 user1
SetEnvIf Request_URI ^~user2 user2
CustomLog /home/user1/logs/access.log combined env=user1
CustomLog /home/user2/logs/access.log combined env=user2
...
</VirtualHost>