Da minha experiência, as atualizações de segurança não verificam o espaço em disco.
Eu acho que o problema da raiz é que uma atualização está sendo instalada e que você não conhece. Como regra geral, nenhum servidor crítico deve estar aplicando atualizações por conta própria. Esses servidores devem ser configurados para verificar apenas as atualizações, e o administrador deve testar as atualizações em outro servidor, se possível, ou pelo menos analisar as atualizações e aplicá-las manualmente. Se você está com pouco espaço em disco, paro de atualizar completamente esse servidor e, em vez disso, trabalho em substituí-lo o mais rápido possível.
Para liberar algum espaço em disco, convém reduzir o tamanho do arquivo de paginação, mas tenha cuidado, pois isso pode afetar o desempenho. Ou mova o arquivo de paginação para outra unidade.