Você está em uma situação difícil - geralmente é útil ter / consultar alguém com experiência em PKI, porque é fácil estragar as coisas muito tempo. Com isso dito, existem alguns recursos disponíveis para consumo público e o MS melhorou o ADCS desde os dias do Server 2000.
Para aproveitar os certificados de assinatura de código, você precisará de uma infraestrutura de CA, separada da distribuição de certificados / chaves. Sem um servidor de certificados (hospedado ou seu próprio), não há chaves para distribuir. Eu estou supondo que você está comparando um serviço hospedado contra o seu próprio.
Eu recomendaria ver soluções hospedadas / gerenciadas se sua organização não tiver as habilidades / conhecimentos necessários para criar suas próprias soluções. Isso é especialmente importante se você planeja assinar um código que será distribuído para o público. Empresas como a Symantec (proprietária da Verisign, Thawte e GeoTrust), Entrust, Comodo, GoDaddy, DigiCert e qualquer outra autoridade de certificação pública (CA) oferecerão certificados de assinatura de código por uma taxa anual. O benefício é que você só precisa descobrir onde colocá-lo e quantos certificados de assinatura de código você precisa. Os custos serão um pouco mais altos do que você mesmo, mas se você pretende distribuir o código público, essa é a melhor opção. Se qualquer coisa, eu recomendo olhar produtos da Verisign, porque eles têm a maior compatibilidade com keystores legados. CAs mais recentes podem suportar 99% dos modernos navegadores, mas podem não funcionar bem com versões mais antigas ou com diferentes keystores - JKS, por exemplo.
Se o código for para uso interno e o custo de uma CA gerenciada for muito alto, você poderá implementar sua própria infraestrutura. Isso inclui a configuração de uma CA (ADCS, baseada em OpenSSL, RSA, Entrust) e a construção do canal de distribuição. A Diretiva de Grupo simplifica a distribuição dos certificados da CA, bem como do certificado. Brian Komar publicou alguns livros sobre os Serviços de Certificados da Microsoft. Komar oferece uma cobertura abrangente sobre o assunto, então eu recomendo que alguém obtenha uma cópia antes de começar a configurar sua própria infraestrutura de CA.
HTH