Essas pastas são para componentes diferentes do SQL Server.
A pasta MSAS é para o SQL Server Analysis Services
A pasta MSRS é para o SQL Server Reporting Services
A pasta MSSQL é para o serviço de banco de dados do SQL Server (mecanismo de banco de dados)
Não acredito que as pastas sejam criadas, a menos que você tenha instalado esses componentes, por isso, recomendo não excluí-las.