Newsflash: a rede não é confiável. Seja o EC2 ou o local, às vezes sua rede não funcionará como você gostaria. Se o seu código não for capaz de lidar com isso, você terá problemas, não importa onde esteja hospedando.
Dito isto, as zonas de disponibilidade do EC2 estão geograficamente dispersas, por isso não é razoável esperar que a rede seja tão confiável quanto uma LAN (ou mesmo dentro do mesmo AZ). Mover as coisas para o mesmo AZ pode melhorar sua confiabilidade, mas não ao ponto de você poder esperar por um código que não leve em conta o soluço ocasional da rede. Portanto, corrija seu código para que ele capture as exceções apropriadas e repita a operação com falha.