Você está correto em afirmar que só pode ter um domínio por controlador de domínio. É aqui que as versões superiores dos direitos de virtualização dos Windows Servers são úteis.
Por exemplo, também temos alguns sites. Temos um controlador de domínio local em cada site e, no site principal, temos dois controladores de domínio para cada domínio . Então eu realmente tenho seis controladores de domínio no escritório central. Dois deles são para nosso domínio primário que trabalhamos, e há dois para cada outro domínio.
Para fazer isso legitimamente, licenciamos duas CPUs do Windows Server Datacenter Edition. Depois de passar de um determinado limite, é mais barato apenas obter uma licença que permita a você instâncias virtuais ilimitadas *. Como os próprios controladores de domínio não precisam ser máquinas poderosas, você pode facilmente ajustar 4 ou 6 deles em um servidor de virtualização de nível de entrada (por exemplo, todos os DCs deste escritório cabem dentro de 4 núcleos e 8GB de RAM). A Microsoft fornece uma ótima calculadora ** para descobrir onde estão seus limites.
Existem muitos hipervisores gratuitos para escolher. Qualquer compra de uma licença do Windows Server fornece uma licença adicional para uso estritamente como um hipervisor; ou há o servidor Hyper-V gratuito, se desejar. Ou há o nível gratuito ou o VMWare ESXi. Tanto o ESXi quanto o Hyper-V têm níveis baratos se você quiser ir além do que suas edições básicas permitem.
* Isto NÃO constitui aconselhamento de licenciamento. Há advertências para o uso das máquinas virtuais. Fale com seu especialista em licenciamento de MS antes de se comprometer com qualquer coisa com base no que eu disse.
** Temos quatro servidores de dois soquetes neste escritório que têm cerca de 20 VMs em cada servidor. Foi menos do que metade do preço para licenciar a edição do Datacenter, e é muito mais fácil manter o controle de seus direitos.