Dê uma olhada nos seus logs de erro do Apache depois de iniciar o Apache. Deve haver uma linha como a seguinte:
[Sun Apr 29 06:57:07 2012] [notice] Apache/2.2.14 (Ubuntu) Phusion_Passenger/3.0.11 mod_ssl/2.2.14 OpenSSL/0.9.8k configured -- resuming normal operations
O que isso diz exatamente depende da sua instalação do Apache, mas deve lhe dizer pelo menos qual versão do Passenger você está executando. No meu caso, é 3.0.11, como você pode ver.