É provável que você não tenha copiado a configuração do PAM que realmente instrui o sistema a usar o LDAP para procurar usuários. Dê uma olhada em /etc/pam.d no sistema antigo. Dependendo da versão, você está vendo system-auth e possivelmente alguns outros.
Se você copiou essas configurações, você deve verificar vários logs em /var/log em busca de erros relacionados ao PAM. Se você encontrar algum e não tiver certeza de como proceder, prossiga e atualize sua pergunta original com essas entradas de registro.