Se você digitar:
$ df -hT | grep /var/run
none tmpfs 3.9G 84K 3.9G 1% /var/run
você pode ver que é um tmpfs
(sistema de arquivos temporário). Isso significa que todo o seu conteúdo será removido após a reinicialização.
Para resolver o problema, você pode criar o diretório necessário no script de inicialização ou criar o arquivo pid diretamente em /var/run
.