Depende da situação, mas os discos do servidor devem ser executados 24 horas por dia, 7 dias por semana, e geralmente são RAIDed, portanto, quando uma unidade falha, eles são substituídos. Se é em uma VM (VPS, suponho que é um host virtualizado em algum lugar) com um host, geralmente não é sua preocupação com as unidades, porque você está pagando para que elas cuidem do hardware.
Quanto à resposta / desempenho lento da unidade, isso depende do hardware e da configuração subjacentes. Se for uma VM hospedada em algum lugar, você nem sempre terá um desempenho consistente, a menos que seja o único convidado na máquina. Caso contrário, você não sabe se seus vizinhos estão fazendo algo que vai comer os recursos e atolar de vez em quando. Você não saberá até que você realmente faça isso.
Praticamente falando, desde que o seu sistema tenha muita memória para operações de cache, você deve estar bem, já que as operações de disco seriam apenas enfileiradas e executadas conforme o subsistema pudesse chegar até elas.Se você é um desenvolvedor e tem problemas com isso, dependendo do que exatamente você está fazendo (criando novos arquivos? anexando? pesquisando?), você pode reprojetar a solução se necessário. Você está consultando os dados? Talvez você deveria estar olhando para colocar isso em um banco de dados que pode ser dimensionado conforme necessário.
Eu não acho que 50 arquivos pequenos em 30 segundos sejam um problema, desde que sua memória esteja bem, mas você não saberá até que você force o seu provedor a usar o mundo real.