Did we mess up any settings to get such horrible slowdown for the C++ build?
Provavelmente não, o VMWare Workstation não era a ferramenta certa para o trabalho.
Should we have tested ESX(i)(?) instead of Workstation?
Sim, será melhor que o Workstation, ainda mais lento que o bare-metal, mas muito melhor.
Should we expect anything else from MS Hyper-V? (Because our IT would prefer that.)
Se você quiser, o desempenho é amplamente comparável ao ESXi, algumas coisas são mais rápidas, algumas mais lentas - sinta-se à vontade para tentar.