Frist seu script tem que ser executável assim:
chmod +x script.py
Em seguida, você deve incluir o diretório de script na variável PATH
do usuário (fonte no .bashrc)
PATH="$PATH:/path/to/script"
ou copie / vincule em um diretório que já esteja listado em PATH
:
cp script.py /usr/bin/
Isso deve ser feito no arquivo make. Para a última opção, make tem que ser invocado com sudo
.