maxThreads é especificada no nível do conector para que você possa definir 1 conector por aplicativo e veicular apenas um aplicativo em cada um. Você provavelmente precisará de um proxy reverso para isso, dependendo do ambiente e das necessidades do aplicativo.
Obviamente, você também pode iniciar várias instâncias do tomcat, embora isso seja muito mais caro para os recursos, mas talvez o isolamento total entre os aplicativos seja compensador.