A adição de _netdev
requer que a rede esteja disponível antes da montagem. É por isso que sua montagem manual sempre funciona, mas durante uma reinicialização, a rede precisa estar disponível antes de tentar montar um host remoto.
Tente isso
curlftpfs#[username]:[password]@[host] /media/[my dir] fuse allow_other,uid=0,gid=0,_netdev 0 0