Teste rsync /root/.ssh/id_rsa.pub user@example/.ssh/authorized_keys
para publicar sua chave.
ssh-copy-id é apenas um script de shell realmente básico que copia seu arquivo de chaves para o servidor remoto. Não há mágica. Se já houver um arquivo authorized_keys no servidor remoto, faça o download, modifique-o e publique novamente usando o rsync.