Acabei de instalar o eclipse no Ubuntu 11.10 e estou percebendo que os menus (na barra de menus do aplicativo) são lentos para renderizar e desaparecer. Eu não explorei muitos outros aspectos do programa, pois isso me afastou completamente. Este é um problema conhecido e há algo que eu possa fazer para consertá-lo, pois sei que o eclipse é um aplicativo muito bom.
Possivelmente um problema de Java?
O pacote do Eclipse enviado pelo Ubuntu tem a renderização da janela nativa desabilitada para contornar um bug (agora corrigido) no GDK.
Veja: link
Eu suspeito que isso também pode causar renderização lenta, então tente isso;
sudo gedit /usr/bin/eclipse e remover ou comentar a linha (com um caractere hash)
GDK_NATIVE_WINDOWS = true