Eu sinto que estou ajudando alguém a fazer algo maluco aqui, mas para ocultar a janela, você pode configurar esse script do powershell para ser executado como uma tarefa agendada na conta SYSTEM, ou, você pode fazê-lo com um programa, como no .NET:
procStartInfo = new ProcessStartInfo("cmd.exe", "/c " + command);
procStartInfo.UseShellExecute = false;
**procStartInfo.RedirectStandardOutput = true;**
p = new Process();
p.StartInfo = procStartInfo;
output = "";
try
{
p.Start();
output = p.StandardOutput.ReadToEnd();
p.WaitForExit();
}..........