Se eu entendi corretamente, você está perguntando se o upstart do Debian pode fazê-lo. Não, não pode. Você tem que usar os mecanismos que você mencionou.
Mas, por favor, reconsidere a coisa toda, porque é uma prática extremamente rara desligar um serviço do sistema (isto é, possivelmente usado por vários usuários) no logout de um usuário.