Bem, sua transferência é porque ele usa SCP, que é um subconjunto do ssh ...
Agora, você deseja alterar a permissão do arquivo de script para que apenas um usuário específico possa lê-lo / executá-lo.
Depois disso, talvez você queira criptografar os arquivos no destino de backup, caso não os acesse, a menos que precise de recuperação ... Você também pode fazer isso antes da transferência para obter melhor segurança em caso de falsificação de DNS. Especialmente se o host estiver em uma rede que você não controla ou na Internet.
Mas SIM, a conexão setembro é criptografada.
Espero que esta ajuda! ; -)
P.S: Eu não sei duplicidade, mas se bem me lembro, cria arquivo .tar ... Não tenho mais certeza se ele criptografa também ...