Nós usamos o clamav como o scanner padrão para o linux. Nós atualizamos as assinaturas a cada hora e cada servidor clamav pesquisa as atualizações de assinaturas de um servidor local.
Como esta é quase a última linha de segurança e estamos em um ambiente bem protegido, nunca vimos um vírus real. Mas não tenho dúvidas de que o clamav fará o trabalho (fizemos alguns testes com o EICAR).