A Microsoft tem um artigo resumindo os cmdlets do PowerShell que podem ser usados para recriar o acesso do cliente diretórios virtuais com links para o uso específico de cada cmdlet. Há também uma opção de GUI que eles descrevem, mas como você está tendo problemas para abrir o Console de Gerenciamento do Exchange, essa opção provavelmente não funcionará para você.
Basicamente, você está executando um conjunto de cmdlets para remover os diretórios virtuais antigos (os quais você indica já foram embora, mas apenas por segurança, é uma boa ideia executar os cmdlets de remoção) e, em seguida, executar uma série de cmdlets para recriá-los.
Supondo que seu servidor seja "SBSSERVER", os cmdlets para remover os diretórios virtuais são:
Remove-AutodiscoverVirtualDirectory -Identity 'SBSSERVER\Autodiscover (Default Web Site)'
Remove-EcpVirtualDirectory -Identity 'SBSSERVER\ecp (Default Web Site)'
Remove-WebServicesVirtualDirectory -Identity 'SBSSERVER\EWS (Default Web Site)'
Remove-ActiveSyncVirtualDirectory -Identity 'SBSSERVER\Microsoft-Server-ActiveSync (Default Web Site)'
Remove-OABVirtualDirectory -Identity 'SBSSERVER\OAB (Default Web Site)'
Remove-OwaVirtualDirectory -Identity 'SBSSERVER\owa (default Web Site)'
Para recriar os diretórios virtuais:
New-AutodiscoverVirtualDirectory -name 'Autodiscover' -WebSiteName 'Default Web Site'
New-EcpVirtualDirectory -name 'ecp' -WebSiteName 'Default Web Site'
New-WebServicesVirtualDirectory -name 'EWS' -WebSiteName 'Default Web Site'
New-ActiveSyncVirtualDirectory -name 'Microsoft-Server-ActiveSync' -WebSiteName 'Default Web Site'
New-OABVirtualDirectory -name 'OAB' -WebSiteName 'Default Web Site'
New-OwaVirtualDirectory -name 'owa' -WebSiteName 'Default Web Site'
Se precisar definir URLs externos ou internos especiais para os sites (seu FQDN voltado para o público no site do OWA, por exemplo), você poderá adicionar o argumento ExternalURL ou InternalURL apropriado a esses cmdlets para definir o URL no momento da criação.