Primeiras coisas primeiro :) faça backup de tudo!
Para o propósito deste exemplo, eu assumirei que seus arquivos estão em /var/www
change para o que realmente estiver em seu sistema.
tar fcvz www-backup.tar.gz /var/www
criará um backup de seu ambiente web existente em um arquivo tar (caso as coisas dêem errado, você sempre poderá recuperar arquivos perdidos)
Agora, localize os arquivos que não foram acessados em 90 dias ou mais:
cd /var/www
find . -atime 90 -type f -ls
Lista os arquivos na tela com horários modificados. Desta forma, você pode ter certeza de que os arquivos que você está tentando excluir estão INDEED os arquivos que você deseja excluir. Você pode canalizar isso para menos, para rolar para cima e para baixo:
find . -atime 90 -type f -ls | less
use as setas para cima e para baixo para ver a lista, saia do tipo 'q'.
Se tudo parece bem:
pwd
verifique se você ainda está no diretório de trabalho correto.
find . -atime 90 -type f echo rm -f {} \; > doit.sh
isso criará um arquivo chamado doit.sh que conterá os comandos de remoção.
Leia mais uma vez:
less doit.sh
se todos os arquivos estiverem corretos para remoção, você poderá executá-lo:
sh doit.sh