Ao ir do RAID5 para o RAID6, você terá menos espaço disponível, já que precisa de dois discos em vez de um de paridade, então não acho que isso vai funcionar, já que você está sem o espaço de um disco para ter a mesma rede capacidade como com o array RAID5 de 6 discos.
Como você teria um sistema lento de qualquer maneira durante a migração, eu sugeriria copiar os dados para um (ou melhor dois) discos maiores (isto é, 1TB USB), reconstruir o array e copiar os dados de volta.
Editar: Uma alternativa pode ser tirar um dos discos da matriz que você deseja manter (isso deixará você sem redundância, portanto, tenha cuidado), crie um RAID6 de 4 discos, mova os dados para o RAID6 e em seguida, adicione os outros dois discos a ele.