Eu tenho medo que você tenha que revinculá-los. No futuro, certifique-se de tentar copiar entre sistemas de arquivos semelhantes.
Se você ainda tiver o sistema de arquivos original, talvez consiga fazer o script do comando ln, mas pode ser mais problema do que vale a pena.
find / -type l -exec ls -l {} \;
encontrará todos os seus links simbólicos.