Existem duas maneiras de fazer isso:
1) Configure os virtualhosts e, sob cada host virtual, especifique ScriptAlias /cgi-bin/ "/your/location"
2) Crie subpastas em /var/www/cgi-bin
e use as subpastas para vinculá-las, no entanto, com esse método, você não pode deixar a árvore de diretórios /var/www/cgi-bin
.