Sim, os kernels modernos suportam ipsec nativamente desde 2.5+, o que é muito tempo.
você precisará instalar ferramentas do userspace, mas elas estão disponíveis em qualquer distro moderna, então nada "especial" sobre elas
o howto genérico está aqui
Eu recomendo começar com o guia ilustrado para o ipsec, pois você terá que saber como o ipsec funciona se você quiser configurá-lo.