A melhor maneira que eu encontrei para fazer isso é criar um pequeno executável AutoIT que faz uma execução como, por exemplo:
$User="User"
$Pass="Pass"
$Domain="Domain"
$Executable="\your\path\here.exe"
RunAs($User,$Domain,$Pass, 1, $Executable, @SystemDir )
Você desejará usar uma conta temporária para essa finalidade, pois é teoricamente possível fazer engenharia reversa do ID e da senha codificados no arquivo EXE.
EDIT - o caminho $ Executable listado acima deve ser o caminho para o seu arquivo de lote.