Eu uso os dois e eles estão sendo executados no CentOS 5.x no VMware. A confluência usa 1,1GB de memória virtual e 645MB de residencial e o JIRA está em 1,2G / 687MB correspondentemente. Claro que é muita memória, mas não é grande coisa para nós. O aplicativo pode responder lentamente e ficar um pouco lento se não for usado por algum tempo, mas depois de alguma atividade é bastante responsivo. Eu acho que esse é um comportamento comum para aplicativos da Web java, mas o desempenho pode ser melhorado com algum ajuste se incomoda muito.
Acho que em termos de funcionalidade o JIRA com o Confluence é uma boa escolha. Eles são bem documentados e o suporte é ótimo. A licença inicial é praticamente gratuita, no entanto, em algum momento você pode atingir a parede de 10 usuários e atualizar para o próximo nível vai custar-lhe alguns dinheiros reais. Então, se você espera crescimento da sua base de usuários, lembre-se disso.
Tanto o Confluence quanto o JIRA possuem muitos recursos, mas isso não significa que você tenha que usar todos eles. Comecei a executá-los na configuração padrão e tenho um pequeno impulso para fazer qualquer personalização (atualizações podem ser dolorosas de outra forma).
Estamos usando os dois sistemas há cerca de 5 a 7 anos. Nossos usuários se acostumaram com a interface e eu não ouvi reclamações ou solicitações de recursos que eu não consegui acomodar por um bom tempo agora, então minha opinião pessoal - gostei.
P.S. Nenhuma experiência com idiomas da direita para a esquerda embora.